木曽生物学研究所は生物学の野外研究のための施設で、長野県木曽郡木曽町福島（JR中央線木曽福島駅から徒歩約15分）にある。
大正15年に当時の動物学教室動物生理生態学講座の教授だった川村多實二らによって、渓流と森林の生物調査のための基地として計画され、当時の福島町から土地と建物の寄付を受け、昭和8年に開所した。現在の建物は昭和63年に全面改築された。ここで、水生昆虫や哺乳類、植物などの研究が行われてきた。
研究室2室と宿泊室2室があり、15名が宿泊可能で、野外研究の基地として研究や野外実習に利用されている。
利用期間は原則4〜10月であり、利用の申込は木曽生物学研究所運営委員会で受け付けている。詳細は、生物科学専攻サイト内の木曽生物研究所のページを参照のこと。