地球熱学研究施設は、旧地球物理学研究施設（大分県別府市：大正13年設立）と火山研究施設（熊本県阿蘇郡：昭和3年設立）を統合し、「地殻表層からマントルに至る熱構造・熱現象の研究と教育」を目的として、平成9年（1997）に発足した。
別府の施設を本部とし、阿蘇は火山研究センターと呼称し、京都に分室を設置して、教育・研究活動を展開している。
「地球は、内部の熱エネルギーを地殻変動、地震活動、火山活動、地熱温泉活動などの地球表層現象に変換する巨大熱機関である」との認識のもとに、また地の利を生かして、熱活動の「巨大な実験装置」である中部九州の野外観測・調査・実験を中心に、地球熱的活動に関しての総合的な地球科学研究を推進することを目指している。