植物学教室は2つの大講座からなる。
分子植物科学講座では、外環境シグナルの受容と伝達、計時システムの多様性とその構造基盤、多細胞体の組織化、細胞小器官の分化とその高次機能、葉緑体分化と光合成の調節機構、器官形成の分子機構などについて研究している。
進化植物科学講座では、形態学的形質、解剖学的形質、塩基配列やDNAフラグメント長多型などの情報を総合的に解析して、植物の多様性と系統進化の過程を研究している。