生物物理学教室は3つの大講座からなる。
情報分子細胞学講座では、細胞の情報処理を担う生体高分子の構造や機能、ゲノム情報の発現を調節する分子機構を研究している。機能統合学講座では、シナプス可塑性の発現・維持・制御の分子機構や生物の進化と多様性の分子機構などの解明を目指すとともに、生体分子の構造機能について理論的研究を行っている。高次情報形成学講座では、視細胞が光を受容する分子機構や多細胞動物の形づくりの細胞・分子メカニズムなどを研究している。