動物学教室は3つの大講座からなる。
自然史学講座では動物の行動の機能とメカニズムの研究、内陸棲動物を対象にした分類・系統・生物地理学的研究、魚類群集の構造と左右性の動態、昆虫・魚類の種分化と多様性の維持機構などの研究を進めている。
動物科学講座では動物の発生の分子メカニズムや発生と進化の関係の解明、原索動物の全ゲノム塩基配列の決定、遺伝子突然変異の生成と抑制のメカニズムの研究を行っている。
人類学講座では、自然における人類の位置と進化の過程を明らかにするため、ヒト以外の霊長類の野外研究、伝統社会の人々の社会・生態学的研究、ヒト上科の化石の形態学的研究、古環境などの研究を進めている。